Windows NTの起動にはOS Loaderが必要ですが、そのOS Loaderは通常Windows NTのインストールの際、Cドライブにコピーされます。この際、CドライブがFAT32形式でフォーマットされているとWindows NTのインストーラはその領域にOS Loaderをコピーすることが出来ずインストールが失敗します。これはWindows NTがFAT32の領域にアクセスできないためです。
したがって、既にCドライブがFAT32形式になっていて新たにWindows NTを他の領域にインストールする場合は、CドライブをFAT16形式に変換するか、一度Cドライブを削除して、先にWindows NTをインストールしてから次にWindows 95/98/Meをインストールするようにしてください。