Cドライブは、必ず１台目の物理HDD上の第１パーティションを指す訳ではありません。
ドライブレターCの割り当てのルールについてですが、Cは１台目のHDD上でブート時にアクティブな基本パーティション用に予約されています。
例えば、これは、もし１台目の物理HDD上の第3基本パーティション内のOSを起動した場合、そのOSは第3基本パーティションをCとして割り当てるという事です。
もし、2台目のHDDが見つからない場合は、最初の論理パーティションをDに割り当てます。全ての論理パーティション(論理パーティションは拡張パーティション内にあります。）にドライブレターを割り当てた後に、次の基本パーティションに対してドライブレターが割り当てられます。

例１：HDDが1台のみで、3つの基本パーティションと１つの拡張パーティション（3つの論理パーティションを含む）で構成されている場合
C:アクティブな基本パーティション
D:1番目の論理パーティション
E:2番目の論理パーティション
F:3番目の論理パーティション
G:ドライブレターが未割り当ての最も低位の基本パーティション
H:ドライブレターが未割り当ての最も低位の基本パーティション

例２：HDDが2台で、それぞれが2つの基本パーティションと1つの拡張パーティション（3つの論理パーティションを含む）で構成される場合は、以下の方法で割り当てられます。C:1台目のディスクのアクティブな基本パーティション
D:2台目のディスクの1番目の基本パーティション
E:1台目のディスクの1番目の論理パーティション
F:1台目のディスクの2番目の論理パーティション
G:1台目のディスクの3番目の論理パーティション
H:2台目のディスクの1番目の論理パーティション
I:2台目のディスクの2番目の論理パーティション
J:2台目のディスクの3番目の論理パーティション
K:1台目のディスクの2番目の基本パーティション
L:2台目のディスクの2番目の基本パーティション